В сентябре 2008 года медресе было официально открыто. Так как Уральское медресе готовит религиоведов для Западно-Казахстанской, Атырауской и Мангистауской областей, 24 сентября 2008 года были приняты первые 24 ученика из трех областей.

Первым директором медресе назначен имам ДУМК по Западно-Казахстанской области Смаил Сейтбеков.

В медресе все соответствующие документы были полностью отрегулированы, 31 марта 2009 года Министерством юстиции была официально зарегистрирована и выдано регистрационное свидетельство №5089-1900-БД. Бизнес-идентификационный номер-бин 090440006564.

29 апреля 2010 года Уральскому медресе выдана государственная лицензия Министерства образования и науки серии АБ №0137381 без ограничения срока.

Срок обучения 2 года 10 месяцев, как и в других медресе. Согласно учебному плану учащиеся слушают лекции, посещают практические, лабораторные занятия, занимаются самостоятельной работой. Затем сдают курсовые, зачеты, экзамены.

С 2011 года начали выпускаться первые выпускники медресе. В 2013-2014 учебном году медресе окончили 12 учеников.

Учебный корпус состоит из 2-х этажей и цокольного этажа, На 1 этаже – кабинеты администрации и преподавателей,  медпункт, санитарный узел, душевые кабины; на 2 этаже – учебные аудитории, спальные комнаты; в цокольном этаже: библиотека, гардероб, склад, компьютерный класс, актовый зал. Учебный корпус оборудован необходимой мебелью, офисным оборудованием, компьютерным классом для учебного процесса. Кроме того, есть телевизор для просмотра в свободное время. В столовой ежедневно подается трехразовое горячее питание (бесплатно).