Учебный план включает дисциплины базовой и вариативной части, а также дисциплины по выбору. Каждая часть подразделяется на модули, такие как «Естественные науки», «Основы управления природопользованием», «Экономические и социальные основы экологии», «Методы исследований в экологии и природопользовании», «Экологические основы территориального планирования», и др.
Особое место в учебном процессе занимают учебные и производственные практики, где студенты осваивают практические методы исследования, изучают различные ландшафты и их составляющие, наблюдают и оценивают рациональность процессов природопользования, антропогенные изменения среды, а также работают на предприятиях и в регулирующих органах Казахстана, овладевая навыками управления природопользованием. На 1-м курсе проходит учебная полевая практика в Каркаралинске Карагандинской области, на 2-м курсе студенты выезжают по регионам Казахстана и на 3-м проходят практику на различных предприятиях.
Важную роль в системе подготовки бакалавров играют курсовая и дипломная работы, защищаемые на 3-м и 4-м курсах. Они позволяют вести углубленную специализацию студента, в большей степени ориентированную на будущую работу. 3-й год обучения студенты проводят в Москве, где защищают курсовую работу, и на 4-м курсе готовят выпускную работу, защищают ее и сдают государственные экзамены в Казахстанском филиале МГУ имени М.В. Ломоносова.
